アフィリエイト広告を貼り付けているサイトは、検索結果で上位表示されにくい傾向があります。
一般的にはアダルトコンテンツとか、誹謗中傷などのネガティブなキーワードが多いサイトはSEO的にマイナスとなり、上位表示はおろかインデックスすらしてくれないケースもあります。それに加えて、アフィリエイトコンテンツも不利といわれています。
アフィリエイト広告の場合は成果を計測しなくてはいけませんので、自分の広告リンクのIDやクッキーなどを履歴として残さないといけません。そのため、ASPを経由して広告主へリダイレクトされるため、直接ではなく、ワンクッションおいた形のリンクになっています。
アフィリエイトのみを目的としたサイトは、オリジナルコンテンツが不足してしまうのに加え、このリダイレクトリンクの割合が多くなるため、検索エンジン側でもすぐにわかってしまうはずです。なので、検索エンジン側で広告ばかりのブログはおすすめしたくない場合、このワンクッションをおいているアフィリエイトリンクの割合が高いブログを、上位表示させないようにフィルタ設定しているはずです。
例えば、以下の３つのサイトがあったとします。
①自然リンク：100
②自然リンク：50 リダイレクトリンク：50
③リダイレクトリンク：100
このうち、すぐにアフィリエイトサイトをわかるのは③です。
通常のナチュラルリンクがひとつもなく、すべてリダイレクトされているのは非常に不自然です。
このようなサイトは、検索エンジン対策上は不利になるかと思われます。
なので、成果の発生していないようなアフィリエイトリンクは、すべて自然リンクに変更してしまうのがよいかもしれません。割合を10対1ぐらいにして、関連性があり、成果の発生しやすい広告のみをごく１部のページで掲載することをおすすめします。
あまり読まれることのない過去ログやカテゴリページには、アフィリエイトリンクをはずした方がいいかもしれませんね。